Giám mục Nguyễn Văn Bản sinh ngày 25 tháng 11 năm 1956 tại giáo xứ Tuy Hòa (nay là phường 2, thành phố Tuy Hòa), tỉnh Phú Yên, thuộc Giáo phận Qui Nhơn.[5] Ông là con thứ bảy trong số chín người con của ông bà Vinh Sơn Nguyễn Văn Biện và Maria Hồng Thị Lụa,[6] gốc ở giáo xứ Thúy Lâm, xã Đoàn Tùng, huyện Thanh Miện, tỉnh Hải Dương, thuộc Giáo phận Hải Phòng.[7]

Khởi đầu con đường tu học, gia đình đưa cậu bé Bản nhập học tại Tiểu chủng viện Quy Nhơn năm 1968. Sau khi rời tiểu chủng viện năm 1975, chủng sinh Nguyễn Văn Bản tiếp tục con đường tu học bằng việc học triết học và thần học tại Trung tâm huấn luyện của Giáo phận Qui Nhơn, tọa lạc tại Màng Lăng, Tuy An (Đại chủng viện) và học tại đây cho đến năm 1988.[5] Sau đó, ông đi hỗ trợ công việc mục vụ tại giáo xứ Tuy Hòa cho đến năm 1993.[6]